{rfName}

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

97

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

López-Aladid RAutor o coautorFernández-Barat LAutor (correspondència)Alcaraz-Serrano VAutor o coautorBueno-Freire LAutor o coautorVazquez NAutor o coautorPastor-Ibáñez RAutor o coautorPalomeque AAutor o coautorOscanoa PAutor o coautorTorres AAutor (correspondència)

Compartir

10 demarç de 2023
Publicacions
>
Article
Sí

Determining the most accurate 16S rRNA hypervariable region for taxonomic identification from respiratory samples

Publicat a:Scientific Reports. 13 (1): 3974- - 2023-03-09 13(1), DOI: 10.1038/s41598-023-30764-z

Autors: Lopez-Aladid, Ruben; Fernandez-Barat, Laia; Alcaraz-Serrano, Victoria; Bueno-Freire, Leticia; Vazquez, Nil; Pastor-Ibanez, Roque; Palomeque, Andrea; Oscanoa, Patricia; Torres, Antoni

Afiliacions

Cellex Laboratory, CibeRes (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias, 06/06/0028), Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS), Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Hosp Clin Barcelona, Lab Retrovirol & Viral Immunopathogenesis, Grp Genom & Pharmacogen HIV - Autor o coautor
Hosp Clin Barcelona, Thorax Inst, Dept Pneumol - Autor o coautor
School of Medicine, University of Barcelona, Barcelona, Spain. - Autor o coautor
School of Medicine, University of Barcelona, Barcelona, Spain. atorres@clinic.cat. - Autor o coautor
Veure més

Resum

16S rRNA gene profiling, which contains nine hypervariable regions (V1–V9), is the gold standard for identifying taxonomic units by high-throughput sequencing. Microbiome studies combine two or more region sequences (usually V3–V4) to increase the resolving power for identifying bacterial taxa. We compare the resolving powers of V1–V2, V3–V4, V5–V7, and V7–V9 to improve microbiome analyses in sputum samples from patients with chronic respiratory diseases. DNA were isolated from 33 human sputum samples, and libraries were created using a QIASeq screening panel intended for Illumina platforms (16S/ITS; Qiagen Hilden, Germany). The analysis included a mock community as a microbial standard control (ZymoBIOMICS). We used the Deblur algorithm to identify bacterial amplicon sequence variants (ASVs) at the genus level. Alpha diversity was significantly higher for V1–V2, V3–V4, and V5–V7 compared with V7–V9, and significant compositional dissimilarities in the V1–V2 and V7–V9 analyses versus the V3–V4 and V5–V7 analyses. A cladogram confirmed these compositional differences, with the latter two being very similar in composition. The combined hypervariable regions showed significant differences when discriminating between the relative abundances of bacterial genera. The area under the curve revealed that V1–V2 had the highest resolving power for accurately identifying respiratory bacterial taxa from sputum samples. Our study confirms that 16S rRNA hypervariable regions provide significant differences for taxonomic identification in sputum. Comparing the taxa of microbial community standard control with the taxa samples, V1–V2 combination exhibits the most sensitivity and specificity. Thus, while third generation full-length 16S rRNA sequencing platforms become more available, the V1–V2 hypervariable regions can be used for taxonomic identification in sputum. © 2023, The Author(s).

Paraules clau

BacteriaBacteriumDna sequenceGeneticsHigh throughput sequencingHigh-throughput nucleotide sequencingHumanHumansMicrobiotaMicrofloraRespiratory systemRna 16sRna, ribosomal, 16sSequence analysis, dna

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Scientific Reports a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2023, es trobava a la posició 25/134, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Multidisciplinary Sciences.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 7.33. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 4.86 (font consultada: FECYT Febr 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 25.77 (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-16, el següent nombre de cites:

  • WoS: 40
  • Scopus: 35
  • Europe PMC: 2

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-16:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 235.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 249 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 11.85.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 4 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a Viquipèdia: 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (López Aladid, Ruben) i Últim Autor (Torres Martí, Antoni).

els autors responsables d'establir les tasques de correspondència han estat Fernández Barat, Laia i Torres Martí, Antoni.