{rfName}
Cp

Indexado en

Licencia y uso

Citaciones

Altmetrics

Análisis de autorías institucional

Abante, JordiAutor (correspondencia)
Compartir
Publicaciones
>
Otros

CpelTdm.jl: a Julia package for targeted differential DNA methylation analysis

Publicado en: - 2020-10-18 (), DOI: 10.1101/2020.10.17.343020

Autores: Jordi Abante; John Goutsias

Afiliaciones

Johns Hopkins University - Autor o Coautor

Resumen

AbstractMotivationIdentifying regions of the genome that demonstrate significant differences in DNA methylation between groups of samples is an important problem in computational epigenetics. Available methods assume that methylation occurs in a statistically independent manner at individual cytosine-phosphate-guanine (CpG) sites or perform analysis using empirically estimated joint probability distributions of methylation patterns at no more than 4 contiguous CpG sites. These approaches can lead to poor detection performance and loss of reliability and reproducibility due to reduced specificity and sensitivity in the presence of insufficient data.ResultsTo accommodate data obtained with different bisulfite sequencing technologies, such as RRBS, ERRBS, and WGBS, and improve statistical power, we developed CpelTdm.jl, a Julia package for targeted differential analysis of DNA methylation stochasticity between groups of unmatched or matched samples. This package performs rigorous statistical analysis of methylation patterns within regions of the genome specified by the user that takes into account correlations in methylation and results in robust detection of genomic regions exhibiting statistically significant differences in methylation stochasticity. CpelTdm.jl does not only detect mean methylation differences, as it is commonly done by previous methods, but also differences in methylation entropy and, more generally, between probability distributions of methylation.Availability and ImplementationThis Julia package is supported for Windows, MacOS, and Linux, and can be freely downloaded from GitHub: https://github.com/jordiabante/CpelTdm.jl.Contactsjabante1@jhu.edu or goutsias@jhu.edu.

Palabras clave

Indicios de calidad

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-15:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 4.

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 3.6.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 8 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Abante Llenas, Jordi) .

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Abante Llenas, Jordi.