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The author(s) declarefinancial support was received for theresearch, authorship, and/or publication of this article. This workwas supported in part by Genome Canada and Genome Alberta (GAPP program), the Canadian Institutes of Health Research (CIHR) (FDN-353029, PJT-479040, PJT-479038, FRN-168480 (with JDRF), DT4-179512), the European Union (HORIZON-HLTH-2022,project 101076383-PHOENIX-), Ministerio de Ciencia e Innovacion of Spain (MCIN; PID2021-125493OB-I00), Generalitatde Catalunya (SGR and CERCA Programmes) and Red Espanola de Supercomputacion (RES, providing CSUC resources). JM, JG and PS were supported by predoctoral studentship from FPU (MINECO). PS e was an investigator of the Ramon y Cajal reintegration program and was supported by a JDRF Career Development Award.

Análisis de autorías institucional

Garnica, JosepAutor o CoautorMoro, JoelAutor o CoautorSole, PatriciaAutor o CoautorSerra, PauAutor o CoautorSantamaria, PereAutor (correspondencia)

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Artículo

Transcriptional re-programming of liver-resident iNKT cells into T-regulatory type-1-like liver iNKT cells involves extensive gene de-methylation

Publicado en:Frontiers In Immunology. 15 1454314- - 2024-09-09 15(), DOI: 10.3389/fimmu.2024.1454314

Autores: Montaño, J; Garnica, J; Moro, J; Solé, P; Serra, P; Santamaria, P; Yamanouchi, J; Mondal, D; Yang, Y

Afiliaciones

Resumen

Unlike conventional CD4+ T cells, which are phenotypically and functionally plastic, invariant NKT (iNKT) cells generally exist in a terminally differentiated state. Na & iuml;ve CD4+ T cells can acquire alternative epigenetic states in response to different cues, but it remains unclear whether peripheral iNKT cells are epigenetically stable or malleable. Repetitive encounters of liver-resident iNKT cells (LiNKTs) with alpha-galactosylceramide (alpha GalCer)/CD1d-coated nanoparticles (NPs) can trigger their differentiation into a LiNKT cell subset expressing a T regulatory type 1 (TR1)-like (LiNKTR1) transcriptional signature. Here we dissect the epigenetic underpinnings of the LiNKT-LiNKTR1 conversion as compared to those underlying the peptide-major histocompatibility complex (pMHC)-NP-induced T-follicular helper (TFH)-to-TR1 transdifferentiation process. We show that gene upregulation during the LINKT-to-LiNKTR1 cell conversion is associated with demethylation of gene bodies, inter-genic regions, promoters and distal gene regulatory elements, in the absence of major changes in chromatin exposure or deposition of expression-promoting histone marks. In contrast, the na & iuml;ve CD4+ T cell-to-TFH differentiation process involves extensive remodeling of the chromatin and the acquisition of a broad repertoire of epigenetic modifications that are then largely inherited by TFH cell-derived TR1 cell progeny. These observations indicate that LiNKT cells are epigenetically malleable and particularly susceptible to gene de-methylation.

Palabras clave

Alpha galcer/cd1d-coated nanoparticlesAlpha-galactosylceramideAnimalsAntigens, cd1dBindingCell differentiationChromatinDemethylationDifferentiationDna methylationEpigenesis, geneticEpigeneticEpigenetic controlEpigeneticsGalactosylceramidesGene de-methylationInkt cellInkt cell re-programmingLiverLiver inkt cellLiver inkt-regulatory type-1 (linktr1) cellsLocusMaintenanceMiceMice, inbred c57blNatural killer t-cellsR/bioconductor packageSpecificitT-lymphocytes, regulatoryTranscription, geneticΑgalcer/cd1d-coated nanoparticles

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers In Immunology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición 37/181, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Immunology.

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-02:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 6.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 6 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 2.85.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 3 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Canada.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Montaño, Javier) y Último Autor (Santamaria Vilanova, Pere).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Santamaria Vilanova, Pere.