{rfName}
De

Indexat a

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Beekman, RAutor o coautorVilarrasa-Blasi, RAutor o coautorDuran-Ferrer, MAutor o coautorClot, GAutor o coautorRussiñol, NAutor o coautorCastellano, GAutor o coautorBea, SAutor o coautorNavarro, AAutor o coautorKulis, MAutor o coautorVerdaguer-Dot, NAutor o coautorJares, PAutor o coautorEnjuanes, AAutor o coautorSalaverria, IAutor o coautorGine, EAutor o coautorLopez-Guillermo, AAutor o coautorCampo, EAutor o coautorMartin-Subero, JiAutor (correspondència)

Compartir

20 dedesembre de 2016
Publicacions
>
Article
No

Decoding the DNA Methylome of Mantle Cell Lymphoma in the Light of the Entire B Cell Lineage

Publicat a: Cancer Cell. 30 (5): 806-821 - 2016-11-14 30(5), DOI: 10.1016/j.ccell.2016.09.014

Autors:

Queiros, Ana C; Beekman, Renee; Vilarrasa-Blasi, Roser; Duran-Ferrer, Marti; Clot, Guillem; Merkel, Angelika; Raineri, Emanuele; Russinol, Nuria; Castellano, Giancarlo; Bea, Silvia; Navarro, Alba; Kulis, Marta; Verdaguer-Dot, Nuria; Jares, Pedro; Enjuanes, Anna; Jose Calasanz, Maria; Bergmann, Anke; Vater, Inga; Salaverria, Itziar; van de Werken, Harmen J G; Wilson, Wyndham H; Datta, Avik; Flicek, Paul; Royo, Romina; Martens, Joost; Gine, Eva; Lopez-Guillermo, Armando; Stunnenberg, Hendrik G; Klapper, Wolfram; Pott, Christiane; Heath, Simon; Gut, Ivo G; Siebert, Reiner; Campo, Elias; Martin-Subero, Jose I
[+]

Afiliacions

‎ BSC, Joint Program Computat Biol, Barcelona Sci Pk, Barcelona 08034, Spain - Autor o coautor
‎ Christian Albrecht Univ, Hematopathol Sect, D-24105 Kiel, Germany - Autor o coautor
‎ Christian Albrecht Univ, Lymph Node Registry, D-24105 Kiel, Germany - Autor o coautor
‎ Ctr Nacl Anal Genom, Parc Cient Barcelona, Barcelona 08028, Spain - Autor o coautor
‎ EBI, EMBL, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, England - Autor o coautor
‎ Erasmus MC, Canc Computat Biol Ctr, NL-3015 CN Rotterdam, Netherlands - Autor o coautor
‎ Erasmus MC, Dept Cell Biol, NL-3015 CN Rotterdam, Netherlands - Autor o coautor
‎ Erasmus MC, Dept Urol, NL-3015 CN Rotterdam, Netherlands - Autor o coautor
‎ Hosp Clin Barcelona, Serv Anat Patol, Unidad Hematopatol, E-08036 Barcelona, Spain - Autor o coautor
‎ IDIBAPS, Hosp Clin, Serv Hematol, Barcelona 08036, Spain - Autor o coautor
‎ IDIBAPS, Unidad Genom, Barcelona 08036, Spain - Autor o coautor
‎ Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IDIBAPS, Barcelona 08036, Spain - Autor o coautor
‎ IRB, Barcelona Sci Pk, Barcelona 08034, Spain - Autor o coautor
‎ NCI, Lymphoid Malignancies Branch, Ctr Canc Res, Bethesda, MD 20892 USA - Autor o coautor
‎ Radboud Univ Nijmegen, FNWI, NCMLS, Mol Biol, NL-6500 HB Nijmegen, Netherlands - Autor o coautor
‎ Univ Barcelona, Dept Fundamentos Clin, E-08036 Barcelona, Spain - Autor o coautor
‎ Univ Hosp Schleswig Holstein, D-24105 Kiel, Germany - Autor o coautor
‎ Univ Hosp Schleswig Holstein, Dept Med 2, D-24116 Kiel, Germany - Autor o coautor
‎ Univ Kiel, Dept Pediat, D-24105 Kiel, Germany - Autor o coautor
‎ Univ Kiel, Inst Human Genet, D-24105 Kiel, Germany - Autor o coautor
‎ Univ Navarra, Dept Genet, Pamplona 31008, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

We analyzed the in silico purified DNA methylation signatures of 82 mantle cell lymphomas (MCL) in comparison with cell subpopulations spanning the entire B cell lineage. We identified two MCL subgroups, respectively carrying epigenetic imprints of germinal-center-inexperienced and germinal-center-experienced B cells, and we found that DNA methylation profiles during lymphomagenesis are largely influenced by the methylation dynamics in normal B cells. An integrative epigenomic approach revealed 10,504 differentially methylated regions in regulatory elements marked by H3K27ac in MCL primary cases, including a distant enhancer showing de novo looping to the MCL oncogene SOX11. Finally, we observed that the magnitude of DNA methylation changes per case is highly variable and serves as an independent prognostic factor for MCL outcome.Copyright © 2016 The Authors. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.
[+]

Paraules clau

cancer-cellschip-seqchromatindifferentiationdna loopingdna methylationenhancerenhancersepigenomeepigenomicsgenomelymphomamantle cell lymphomamethylationmolecular pathogenesismutationsrevealssox11B-lymphocytesCancer-cellsCell line, tumorCell lineageChip-seqChromatinChronic lymphocytic-leukemiaComputer simulationDifferentiationDna loopingDna methylationEnhancerEnhancer elements, geneticEnhancersEpigenesis, geneticEpigenomeEpigenomicsGene expression regulation, neoplasticGenomeHigh-throughput nucleotide sequencingHumansLymphomaLymphoma, mantle-cellMantle cell lymphomaMethylationMolecular pathogenesisMutationsRevealsSox11Sox11 protein, humanSoxc transcription factorsWhole-genome bisulfite sequencing

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista CANCER CELL a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2016, es trobava a la posició 4/190, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Cell Biology.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 3.01. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 13 Nov 2025)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 1.84 (font consultada: FECYT Mar 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2026-04-13, el següent nombre de cites:

  • WoS: 105
  • Scopus: 64
  • Europe PMC: 79
  • Google Scholar: 140
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-13:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 197.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 197 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 52.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 25 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a Viquipèdia: 1 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a mitjans de comunicació: 3 (Altmetric).
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Germany; Mali; Netherlands; United Kingdom; United States of America.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Últim Autor (Martín Subero, José Ignacio).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Martín Subero, José Ignacio.

[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

This work was funded by the European Union's Seventh Framework Program through the Blueprint Consortium (grant agreement 282510), the European Hematology Association (Non-Clinical Advanced Research Fellowships to J.I.M.-S.), the Worldwide Cancer Research (grant number 16-1285, to J.I.M.-S.), Spanish Ministerio de Economia y Competitividad (MINECO), grant no. SAF2015-64885-R (to E.C.) and Generalitat de Catalunya Suport Grups de Recerca AGAUR 2014-SGR-795 (to E.C.). Methylation microarrays were out-sourced to the Spanish Centro Nacional de Genotipado (CEGEN-ISCIII). We are indebted to the Genomics core facility of the Institut d'Investigacions Biomediques August Pi i Sunyer (IDIBAPS) for technical help. This work was partially developed at the Centro Esther Koplowitz (CEK; Barcelona, Spain). J.I.M.-S. is a Ramon y Cajal researcher of MINECO, E.C. is an Academia Researcher of the "Institucio Catalana de Recerca i Estudis Avancats" (ICREA) of the Generalitat de Catalunya, A.C.Q. is supported by a Portuguese Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT) fellowship, R.B. by fellowships from the Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) and the EU (Marie Curie), and R.V.-B by a pre-doctoral fellowship of the MINECO. Paul Flicek is a member of the Scientific Advisory Board for Omicia, Inc.
[+]