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Beekman, RAutor o CoautorVilarrasa-Blasi, RAutor o CoautorDuran-Ferrer, MAutor o CoautorClot, GAutor o CoautorRussiñol, NAutor o CoautorCastellano, GAutor o CoautorBea, SAutor o CoautorNavarro, AAutor o CoautorKulis, MAutor o CoautorVerdaguer-Dot, NAutor o CoautorJares, PAutor o CoautorEnjuanes, AAutor o CoautorSalaverria, IAutor o CoautorGine, EAutor o CoautorLopez-Guillermo, AAutor o CoautorCampo, EAutor o CoautorMartin-Subero, JiAutor (correspondencia)

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20 de diciembre de 2016
Publicaciones
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Artículo
No

Decoding the DNA Methylome of Mantle Cell Lymphoma in the Light of the Entire B Cell Lineage

Publicado en: Cancer Cell. 30 (5): 806-821 - 2016-11-14 30(5), DOI: 10.1016/j.ccell.2016.09.014

Autores:

Queiros, Ana C; Beekman, Renee; Vilarrasa-Blasi, Roser; Duran-Ferrer, Marti; Clot, Guillem; Merkel, Angelika; Raineri, Emanuele; Russinol, Nuria; Castellano, Giancarlo; Bea, Silvia; Navarro, Alba; Kulis, Marta; Verdaguer-Dot, Nuria; Jares, Pedro; Enjuanes, Anna; Jose Calasanz, Maria; Bergmann, Anke; Vater, Inga; Salaverria, Itziar; van de Werken, Harmen J G; Wilson, Wyndham H; Datta, Avik; Flicek, Paul; Royo, Romina; Martens, Joost; Gine, Eva; Lopez-Guillermo, Armando; Stunnenberg, Hendrik G; Klapper, Wolfram; Pott, Christiane; Heath, Simon; Gut, Ivo G; Siebert, Reiner; Campo, Elias; Martin-Subero, Jose I
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Afiliaciones

‎ BSC, Joint Program Computat Biol, Barcelona Sci Pk, Barcelona 08034, Spain - Autor o Coautor
‎ Christian Albrecht Univ, Hematopathol Sect, D-24105 Kiel, Germany - Autor o Coautor
‎ Christian Albrecht Univ, Lymph Node Registry, D-24105 Kiel, Germany - Autor o Coautor
‎ Ctr Nacl Anal Genom, Parc Cient Barcelona, Barcelona 08028, Spain - Autor o Coautor
‎ EBI, EMBL, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, England - Autor o Coautor
‎ Erasmus MC, Canc Computat Biol Ctr, NL-3015 CN Rotterdam, Netherlands - Autor o Coautor
‎ Erasmus MC, Dept Cell Biol, NL-3015 CN Rotterdam, Netherlands - Autor o Coautor
‎ Erasmus MC, Dept Urol, NL-3015 CN Rotterdam, Netherlands - Autor o Coautor
‎ Hosp Clin Barcelona, Serv Anat Patol, Unidad Hematopatol, E-08036 Barcelona, Spain - Autor o Coautor
‎ IDIBAPS, Hosp Clin, Serv Hematol, Barcelona 08036, Spain - Autor o Coautor
‎ IDIBAPS, Unidad Genom, Barcelona 08036, Spain - Autor o Coautor
‎ Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IDIBAPS, Barcelona 08036, Spain - Autor o Coautor
‎ IRB, Barcelona Sci Pk, Barcelona 08034, Spain - Autor o Coautor
‎ NCI, Lymphoid Malignancies Branch, Ctr Canc Res, Bethesda, MD 20892 USA - Autor o Coautor
‎ Radboud Univ Nijmegen, FNWI, NCMLS, Mol Biol, NL-6500 HB Nijmegen, Netherlands - Autor o Coautor
‎ Univ Barcelona, Dept Fundamentos Clin, E-08036 Barcelona, Spain - Autor o Coautor
‎ Univ Hosp Schleswig Holstein, D-24105 Kiel, Germany - Autor o Coautor
‎ Univ Hosp Schleswig Holstein, Dept Med 2, D-24116 Kiel, Germany - Autor o Coautor
‎ Univ Kiel, Dept Pediat, D-24105 Kiel, Germany - Autor o Coautor
‎ Univ Kiel, Inst Human Genet, D-24105 Kiel, Germany - Autor o Coautor
‎ Univ Navarra, Dept Genet, Pamplona 31008, Spain - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

We analyzed the in silico purified DNA methylation signatures of 82 mantle cell lymphomas (MCL) in comparison with cell subpopulations spanning the entire B cell lineage. We identified two MCL subgroups, respectively carrying epigenetic imprints of germinal-center-inexperienced and germinal-center-experienced B cells, and we found that DNA methylation profiles during lymphomagenesis are largely influenced by the methylation dynamics in normal B cells. An integrative epigenomic approach revealed 10,504 differentially methylated regions in regulatory elements marked by H3K27ac in MCL primary cases, including a distant enhancer showing de novo looping to the MCL oncogene SOX11. Finally, we observed that the magnitude of DNA methylation changes per case is highly variable and serves as an independent prognostic factor for MCL outcome.Copyright © 2016 The Authors. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.
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Palabras clave

cancer-cellschip-seqchromatindifferentiationdna loopingdna methylationenhancerenhancersepigenomeepigenomicsgenomelymphomamantle cell lymphomamethylationmolecular pathogenesismutationsrevealssox11B-lymphocytesCancer-cellsCell line, tumorCell lineageChip-seqChromatinChronic lymphocytic-leukemiaComputer simulationDifferentiationDna loopingDna methylationEnhancerEnhancer elements, geneticEnhancersEpigenesis, geneticEpigenomeEpigenomicsGene expression regulation, neoplasticGenomeHigh-throughput nucleotide sequencingHumansLymphomaLymphoma, mantle-cellMantle cell lymphomaMethylationMolecular pathogenesisMutationsRevealsSox11Sox11 protein, humanSoxc transcription factorsWhole-genome bisulfite sequencing

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista CANCER CELL debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2016, se encontraba en la posición 4/190, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Cell Biology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 3.01. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.84 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-13, el siguiente número de citas:

  • WoS: 105
  • Scopus: 64
  • Europe PMC: 79
  • Google Scholar: 140
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-13:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 197.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 197 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 52.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 25 (Altmetric).
  • El número de menciones en Wikipedia: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 3 (Altmetric).
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Germany; Mali; Netherlands; United Kingdom; United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (Martín Subero, José Ignacio).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Martín Subero, José Ignacio.

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Reconocimientos ligados al ítem

This work was funded by the European Union's Seventh Framework Program through the Blueprint Consortium (grant agreement 282510), the European Hematology Association (Non-Clinical Advanced Research Fellowships to J.I.M.-S.), the Worldwide Cancer Research (grant number 16-1285, to J.I.M.-S.), Spanish Ministerio de Economia y Competitividad (MINECO), grant no. SAF2015-64885-R (to E.C.) and Generalitat de Catalunya Suport Grups de Recerca AGAUR 2014-SGR-795 (to E.C.). Methylation microarrays were out-sourced to the Spanish Centro Nacional de Genotipado (CEGEN-ISCIII). We are indebted to the Genomics core facility of the Institut d'Investigacions Biomediques August Pi i Sunyer (IDIBAPS) for technical help. This work was partially developed at the Centro Esther Koplowitz (CEK; Barcelona, Spain). J.I.M.-S. is a Ramon y Cajal researcher of MINECO, E.C. is an Academia Researcher of the "Institucio Catalana de Recerca i Estudis Avancats" (ICREA) of the Generalitat de Catalunya, A.C.Q. is supported by a Portuguese Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT) fellowship, R.B. by fellowships from the Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) and the EU (Marie Curie), and R.V.-B by a pre-doctoral fellowship of the MINECO. Paul Flicek is a member of the Scientific Advisory Board for Omicia, Inc.
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