{rfName}
Gu

Indexat a

APC

3 450,00 Dollars

Citacions

114

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Martinez-Bartolome, SAutor (correspondència)Campos, AAutor o coautorCarrascal, MAutor o coautor

Compartir

3 defebrer de 2015
Publicacions
>
Article
No

Guidelines for reporting quantitative mass spectrometry based experiments in proteomics

Publicat a: Journal Of Proteomics. 95 (95): 84-88 - 2013-12-16 95(95), DOI: 10.1016/j.jprot.2013.02.026

Autors:

Martinez-Bartolome, Salvador; Deutsch, Eric W; Binz, Pierre-Alain; Jones, Andrew R; Eisenacher, Martin; Mayer, Gerhard; Campos, Alex; Canals, Francesc; Bech-Serra, Joan-Josep; Carrascal, Montserrat; Gay, Marina; Paradela, Alberto; Navajas, Rosana; Marcilla, Miguel; Luisa Hernaez, Maria; Dolores Gutierrez-Blazquez, Maria; Clemente Velarde, Luis Felipe; Aloria, Kerman; Beaskoetxea, Jabier; Alberto Medina-Aunon, J; Albar, Juan P
[+]

Afiliacions

CSIC, Ctr Nacl Biotecnol, Prote Facil, ProteoRed ISCIII, Madrid 28049, Spain - Autor o coautor
Inst Syst Biol, Seattle, WA 98103 USA - Autor o coautor
ProteoRed ISCIII, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Ruhr Univ Bochum, Med Proteom Ctr, Bochum, Germany - Autor o coautor
Swiss Inst Bioinformat, CH-1211 Geneva 4, Switzerland - Autor o coautor
UAB, CSIC,ProteoRed ISCIII, Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IIBB, Inst Invest Biomed Barcelona,IDIBAPS,Prote Lab, Bellaterra, Spain - Autor o coautor
Univ Basque Country, Dept Biochem & Mol Biol, UPV EHU, ProteoRed ISCIII, Leioa 48940, Spain - Autor o coautor
Univ Basque Country, UPV EHU, ProteoRed ISCHI, Prote Core Facil SGIKER, Leioa 48940, Spain - Autor o coautor
Univ Complutense Madrid, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ Liverpool, Inst Integrat Biol, Liverpool L69 3BX, Merseyside, England - Autor o coautor
Vall dHebron Univ Hosp, Vall dHebron Inst Oncol, ProteoRed ISCIII, Prote Lab, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

Mass spectrometry is already a well-established protein identification tool and recent methodological and technological developments have also made possible the extraction of quantitative data of protein abundance in large-scale studies. Several strategies for absolute and relative quantitative proteomics and the statistical assessment of quantifications are possible, each having specific measurements and therefore, different data analysis workflows. The guidelines for Mass Spectrometry Quantification allow the description of a wide range of quantitative approaches, including labeled and label-free techniques and also targeted approaches such as Selected Reaction Monitoring (SRM).The HUPO Proteomics Standards Initiative (HUPO-PSI) has invested considerable efforts to improve the standardization of proteomics data handling, representation and sharing through the development of data standards, reporting guidelines, controlled vocabularies and tooling. In this manuscript, we describe a key output from the HUPO-PSI-namely the MIAPE Quant guidelines, which have developed in parallel with the corresponding data exchange format mzQuantML [1]. The MIAPE Quant guidelines describe the HUPO-PSI proposal concerning the minimum information to be reported when a quantitative data set, derived from mass spectrometry (MS), is submitted to a database or as supplementary information to a journal. The guidelines have been developed with input from a broad spectrum of stakeholders in the proteomics field to represent a true consensus view of the most important data types and metadata, required for a quantitative experiment to be analyzed critically or a data analysis pipeline to be reproduced. It is anticipated that they will influence or be directly adopted as part of journal guidelines for publication and by public proteomics databases and thus may have an impact on proteomics laboratories across the world. This article is part of a Special Issue entitled: Standardization and Quality Control.Copyright © 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.
[+]

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Journal of Proteomics a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2013, es trobava a la posició 16/78, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Biochemical Research Methods.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2026-04-25:

  • Open Alex: 50
  • WoS: 35
  • Scopus: 37
  • Europe PMC: 25
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-25:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 135.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 135 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 3.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 5 (Altmetric).
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Amsterdam; Germany; Switzerland; United Kingdom; United States of America.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Martinez Florensa, Mario) .

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Martinez Florensa, Mario.

[+]