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Martinez-Bartolome, SAutor (correspondencia)Campos, AAutor o CoautorCarrascal, MAutor o Coautor

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3 de febrero de 2015
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Artículo
No

Guidelines for reporting quantitative mass spectrometry based experiments in proteomics

Publicado en: Journal Of Proteomics. 95 (95): 84-88 - 2013-12-16 95(95), DOI: 10.1016/j.jprot.2013.02.026

Autores:

Martinez-Bartolome, Salvador; Deutsch, Eric W; Binz, Pierre-Alain; Jones, Andrew R; Eisenacher, Martin; Mayer, Gerhard; Campos, Alex; Canals, Francesc; Bech-Serra, Joan-Josep; Carrascal, Montserrat; Gay, Marina; Paradela, Alberto; Navajas, Rosana; Marcilla, Miguel; Luisa Hernaez, Maria; Dolores Gutierrez-Blazquez, Maria; Clemente Velarde, Luis Felipe; Aloria, Kerman; Beaskoetxea, Jabier; Alberto Medina-Aunon, J; Albar, Juan P
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Afiliaciones

CSIC, Ctr Nacl Biotecnol, Prote Facil, ProteoRed ISCIII, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Inst Syst Biol, Seattle, WA 98103 USA - Autor o Coautor
ProteoRed ISCIII, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Ruhr Univ Bochum, Med Proteom Ctr, Bochum, Germany - Autor o Coautor
Swiss Inst Bioinformat, CH-1211 Geneva 4, Switzerland - Autor o Coautor
UAB, CSIC,ProteoRed ISCIII, Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IIBB, Inst Invest Biomed Barcelona,IDIBAPS,Prote Lab, Bellaterra, Spain - Autor o Coautor
Univ Basque Country, Dept Biochem & Mol Biol, UPV EHU, ProteoRed ISCIII, Leioa 48940, Spain - Autor o Coautor
Univ Basque Country, UPV EHU, ProteoRed ISCHI, Prote Core Facil SGIKER, Leioa 48940, Spain - Autor o Coautor
Univ Complutense Madrid, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Liverpool, Inst Integrat Biol, Liverpool L69 3BX, Merseyside, England - Autor o Coautor
Vall dHebron Univ Hosp, Vall dHebron Inst Oncol, ProteoRed ISCIII, Prote Lab, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Mass spectrometry is already a well-established protein identification tool and recent methodological and technological developments have also made possible the extraction of quantitative data of protein abundance in large-scale studies. Several strategies for absolute and relative quantitative proteomics and the statistical assessment of quantifications are possible, each having specific measurements and therefore, different data analysis workflows. The guidelines for Mass Spectrometry Quantification allow the description of a wide range of quantitative approaches, including labeled and label-free techniques and also targeted approaches such as Selected Reaction Monitoring (SRM).The HUPO Proteomics Standards Initiative (HUPO-PSI) has invested considerable efforts to improve the standardization of proteomics data handling, representation and sharing through the development of data standards, reporting guidelines, controlled vocabularies and tooling. In this manuscript, we describe a key output from the HUPO-PSI-namely the MIAPE Quant guidelines, which have developed in parallel with the corresponding data exchange format mzQuantML [1]. The MIAPE Quant guidelines describe the HUPO-PSI proposal concerning the minimum information to be reported when a quantitative data set, derived from mass spectrometry (MS), is submitted to a database or as supplementary information to a journal. The guidelines have been developed with input from a broad spectrum of stakeholders in the proteomics field to represent a true consensus view of the most important data types and metadata, required for a quantitative experiment to be analyzed critically or a data analysis pipeline to be reproduced. It is anticipated that they will influence or be directly adopted as part of journal guidelines for publication and by public proteomics databases and thus may have an impact on proteomics laboratories across the world. This article is part of a Special Issue entitled: Standardization and Quality Control.Copyright © 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.
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Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Journal of Proteomics debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2013, se encontraba en la posición 16/78, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemical Research Methods.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-25:

  • Open Alex: 50
  • WoS: 35
  • Scopus: 37
  • Europe PMC: 25
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-25:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 135.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 135 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 3.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 5 (Altmetric).
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Amsterdam; Germany; Switzerland; United Kingdom; United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Martinez Florensa, Mario) .

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Martinez Florensa, Mario.

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