{rfName}

Documents i arxius

Llicència i ús

Licencia

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Fuentes Prado, MireyaAutor o coautorAbian JAutor o coautorCarrascal MAutor o coautorParadela AAutor o coautor

Compartir

13 dedesembre de 2021
Publicacions
>
Article
No

Multi-laboratory experiment PME11 for the standardization of phosphoproteome analysis

Publicat a: Journal of Proteomics. 251 104409- - 2022-01-16 251(), DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104409

Autors:

Colome, Nuria; Abian, Joaquin; Aloria, Kerman; Arizmendi, Jesus M; Barcelo-Batllori, Silvia; Braga-Lagache, Sophie; Burlet-Schiltz, Odile; Carrascal, Montse; Ignacio Casal, J; Chicano-Galvez, Eduard; Chiva, Cristina; Felipe Clemente, Luis; Elortza, Felix; Estanyol, Josep M; Fernandez-Irigoyen, Joaquin; Fernandez-Puente, Patricia; Jose Fidalgo, Maria; Froment, Carine; Fuentes, Manuel; Fuentes-Almagro, Carlos; Gay, Marina; Hainard, Alexandre; Heller, Manfred; Luisa Hernandez, Maria; Ibarrola, Nieves; Iloro, Ibon; Kieselbach, Thomas; Lario, Antonio; Locard-Paulet, Marie; Marina-Ramirez, Anabel; Martin, Luna; Morato-Lopez, Esperanza; Munoz, Javier; Navajas, Rosana; Odena, M Antonia; Odriozola, Leticia; de Oliveira, Eliandre; Paradela, Alberto; Pasquarello, Carla; de los Rios, Vivian; Ruiz-Romero, Cristina; Sabido, Eduard; Sanchez del Pino, Manuel; Sancho, Jaime; Santamaria, Enrique; Schaeffer-Reiss, Christine; Schneider, Justine; de la Torre, Carolina; Valero, M Luz; Vilaseca, Marta; Wu, Shuai; Wu, Linfeng; Ximenez de Embun, Pilar; Canals, Francesc; Corrales, Fernando J
[+]

Afiliacions

Agilent Technol, Santa Clara, CA 95051 USA - Autor o coautor
Bellvitge Biomed Res Inst IDIBELL, ProteoRed ISCIII, Barcelona, Spain - Autor o coautor
BIST Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, ProteoRed ISCIII, Baldiri i Reixac 10, Barcelona 08028, Spain - Autor o coautor
CBM Severo Ochoa CSIC UAM, ProteoRed ISCIII, Madrid 28049, Spain - Autor o coautor
CIBERehd, Basque Res & Technol Alliance BRTA, Prote Platform, CIC BioGUNE,ProteoRed ISCIII, Bizkaia Sci & Technol Pk, Derio 48160, Spain - Autor o coautor
Ctr Genom Regulat, Barcelona Inst Sci & Technol BIST, Prote Unit, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Ctr Invest Biol CSIC, ProteoRed ISCIII, Madrid 28040, Spain - Autor o coautor
Ctr Nacl Biotecnol CSIC, ProteoRed ISCIII, Madrid 28049, Spain - Autor o coautor
Ctr Nacl Biotecnol CSIC, Spanish Prote Networked Platform, ProteoRed ISCIII PRB3, Madrid 28049, Spain - Autor o coautor
Ctr Nacl Biotecnol CSIC, Standardizat Initiat, European Prote Assoc, Madrid 28049, Spain - Autor o coautor
IIBB CSIC IDIBAPS, Inst Invest Biomed Barcelona, ProteoRed ISCIII, Barcelona 08036, Spain - Autor o coautor
IMIBIC UCO HURS, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, IMIBIC Bldg Fl3, Codroba 14004, Spain - Autor o coautor
INIBIC Complejo Hosp Univ A Coruna, ProteoRed ISCIII, SERGAS, Unidad Prote,Grp Invest Reumatol GIR, La Coruna, Spain - Autor o coautor
Inoviem Sci, Bioparc3,850 Blvd Sebastien Brant, F-67400 Illkirch Graffenstaden, France - Autor o coautor
IPBLN CSIC, ProteoRed ISCIII, Granada 18016, Spain - Autor o coautor
Prote Platform, ProteoRed ISCIII, Barcelona Sci Pk, Barcelona 08028, Spain - Autor o coautor
Spanish Natl Canc Res Ctr CNIO, ProteoRed ISCIII, Madrid 28029, Spain - Autor o coautor
Umea Univ Lib, Sci Commun, S-90174 Umea, Sweden - Autor o coautor
Umea Univ, Dept Chem, S-90187 Umea, Sweden - Autor o coautor
Univ A Coruna, Agrupac CICA INIBIC, Grp Invest Reumatol GIR, La Coruna, Spain - Autor o coautor
Univ Barcelona, Sci & Technol Ctr CCiTUB, ProteoRed ISCIII, Barcelona 08036, Spain - Autor o coautor
Univ Basque Country UPV EHU, Fac Sci & Technol, Dept Biochem & Mol Biol, Leioa, Spain - Autor o coautor
Univ Basque Country UPV EHU, Prote Core Facil SGIKER, ProteoRed ISCIII, Leioa, Spain - Autor o coautor
Univ Bern, Dept BioMed Res DBMR, Prote & Mass Spectrometry Core Facil, CH-3010 Bern, Switzerland - Autor o coautor
Univ Complutense Madrid, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, Madrid 28040, Spain - Autor o coautor
Univ Cordoba, Prote Unit, SCAI, Ramon y Cajal Bldg,Rabanales Campus, Cordoba 14071, Spain - Autor o coautor
Univ Geneva, CMU, Prote Core Facil, Geneva, Switzerland - Autor o coautor
Univ Navarra, CIMA, ProteoRed ISCIII, Pamplona 31008, Spain - Autor o coautor
Univ Pompeu Fabra, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Univ Publ Navarra UPNA, Complejo Hosp Navarra CHN, Proteored ISCIII Prote Unit, IdiSNA,Clin Neuroprote Grp, Pamplona 31008, Spain - Autor o coautor
Univ Salamanca, Canc Res Ctr IBMCC CSIC USAL IBSAL, Dept Med & Gen Cytometry Serv Nucleus, Prote Unit,CIBERONC, Salamanca, Spain - Autor o coautor
Univ Salamanca, Canc Res Ctr IBMCC CSIC USAL IBSAL, ProteoRed ISCIII, CSIC,Prote Unit, Salamanca, Spain - Autor o coautor
Univ Strasbourg, CNRS, Lab Spectrometrie Masse BioOrgan, IPHC UMR 7178, F-67000 Strasbourg, France - Autor o coautor
Univ Toulouse, Prote & Mass Spectrometry Biomol, Prote Infrastruct Toulouse,UPS,CNRS, Prote French Infrastruct,ProFLI Inst Pharmacol &, Toulouse, France - Autor o coautor
Univ Valencia, Biotechnol & Biomed Interdisciplinary Res Unit ER, Burjassot 46100, Spain - Autor o coautor
Univ Valencia, Cent Serv Expt Res SCSIE, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, Burjassot 46100, Spain - Autor o coautor
Vall dHebron Inst Oncol VHIO, ProteoRed ISCIII, Barcelona 08035, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

Global analysis of protein phosphorylation by mass spectrometry proteomic techniques has emerged in the last decades as a powerful tool in biological and biomedical research. However, there are several factors that make the global study of the phosphoproteome more challenging than measuring non-modified proteins. The low stoichiometry of the phosphorylated species and the need to retrieve residue specific information require particular attention on sample preparation, data acquisition and processing to ensure reproducibility, qualitative and quantitative robustness and ample phosphoproteome coverage in phosphoproteomic workflows. Aiming to investigate the effect of different variables in the performance of proteome wide phosphoprotein analysis protocols, ProteoRed-ISCIII and EuPA launched the Proteomics Multicentric Experiment 11 (PME11). A reference sample consisting of a yeast protein extract spiked in with different amounts of a phosphomix standard (Sigma/Merck) was distributed to 31 laboratories around the globe. Thirty-six datasets from 23 laboratories were analyzed. Our results indicate the suitability of the PME11 reference sample to benchmark and optimize phosphoproteomics strategies, weighing the influence of different factors, as well as to rank intra and inter laboratory performance.Copyright © 2021 The Authors. Published by Elsevier B.V. All rights reserved.
[+]

Paraules clau

enrichmentArticleBenchmarkingLaboratoriesLaboratoryLaboratory testMass spectrometryNormalitzacióPhosphopeptidePhosphoproteinPhosphoproteinsPhosphoproteomicsPhosphorylationProceduresProtein phosphorylationProteomeProteómicaProteomicsQualitative analysisQuality-controlQuantitative analysisReference standardsReproducibilityReproducibility of resultsStandardStandardizationYeast extract

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Journal of Proteomics a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2022, es trobava a la posició 31/77, aconseguint així situar-se com a revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoria Biochemical Research Methods. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada en el Cuartil Q2 para la agencia Scopus (SJR) en la categoría Biophysics.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2026-04-05:

  • WoS: 2
  • Scopus: 2
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-05:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 27.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 27 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 5.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 9 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: France; Sweden; Switzerland; United States of America.

[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

We thank Kevin Ray from MilliporeSigma, Saint Louis, MO, for fruitful discussions on the study design, and MilliporeSigma for kindly providing the Phosphomix standards used in the study. ProteoRed, PRB3 is supported by grant PT17/0019/0001, of the PE I+D+i 2013-2016, funded by ISCIII and ERDF.
[+]

Ítems relacionats