{rfName}

Documentos y archivos

Licencia y uso

Licencia

Altmetrics

Investigadores/as Institucionales

Fuentes Prado, MireyaAutor o CoautorAbian JAutor o CoautorCarrascal MAutor o CoautorParadela AAutor o Coautor

Compartir

13 de diciembre de 2021
Publicaciones
>
Artículo
No

Multi-laboratory experiment PME11 for the standardization of phosphoproteome analysis

Publicado en: Journal of Proteomics. 251 104409- - 2022-01-16 251(), DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104409

Autores:

Colome, Nuria; Abian, Joaquin; Aloria, Kerman; Arizmendi, Jesus M; Barcelo-Batllori, Silvia; Braga-Lagache, Sophie; Burlet-Schiltz, Odile; Carrascal, Montse; Ignacio Casal, J; Chicano-Galvez, Eduard; Chiva, Cristina; Felipe Clemente, Luis; Elortza, Felix; Estanyol, Josep M; Fernandez-Irigoyen, Joaquin; Fernandez-Puente, Patricia; Jose Fidalgo, Maria; Froment, Carine; Fuentes, Manuel; Fuentes-Almagro, Carlos; Gay, Marina; Hainard, Alexandre; Heller, Manfred; Luisa Hernandez, Maria; Ibarrola, Nieves; Iloro, Ibon; Kieselbach, Thomas; Lario, Antonio; Locard-Paulet, Marie; Marina-Ramirez, Anabel; Martin, Luna; Morato-Lopez, Esperanza; Munoz, Javier; Navajas, Rosana; Odena, M Antonia; Odriozola, Leticia; de Oliveira, Eliandre; Paradela, Alberto; Pasquarello, Carla; de los Rios, Vivian; Ruiz-Romero, Cristina; Sabido, Eduard; Sanchez del Pino, Manuel; Sancho, Jaime; Santamaria, Enrique; Schaeffer-Reiss, Christine; Schneider, Justine; de la Torre, Carolina; Valero, M Luz; Vilaseca, Marta; Wu, Shuai; Wu, Linfeng; Ximenez de Embun, Pilar; Canals, Francesc; Corrales, Fernando J
[+]

Afiliaciones

Agilent Technol, Santa Clara, CA 95051 USA - Autor o Coautor
Bellvitge Biomed Res Inst IDIBELL, ProteoRed ISCIII, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
BIST Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, ProteoRed ISCIII, Baldiri i Reixac 10, Barcelona 08028, Spain - Autor o Coautor
CBM Severo Ochoa CSIC UAM, ProteoRed ISCIII, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
CIBERehd, Basque Res & Technol Alliance BRTA, Prote Platform, CIC BioGUNE,ProteoRed ISCIII, Bizkaia Sci & Technol Pk, Derio 48160, Spain - Autor o Coautor
Ctr Genom Regulat, Barcelona Inst Sci & Technol BIST, Prote Unit, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Ctr Invest Biol CSIC, ProteoRed ISCIII, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor
Ctr Nacl Biotecnol CSIC, ProteoRed ISCIII, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Ctr Nacl Biotecnol CSIC, Spanish Prote Networked Platform, ProteoRed ISCIII PRB3, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Ctr Nacl Biotecnol CSIC, Standardizat Initiat, European Prote Assoc, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
IIBB CSIC IDIBAPS, Inst Invest Biomed Barcelona, ProteoRed ISCIII, Barcelona 08036, Spain - Autor o Coautor
IMIBIC UCO HURS, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, IMIBIC Bldg Fl3, Codroba 14004, Spain - Autor o Coautor
INIBIC Complejo Hosp Univ A Coruna, ProteoRed ISCIII, SERGAS, Unidad Prote,Grp Invest Reumatol GIR, La Coruna, Spain - Autor o Coautor
Inoviem Sci, Bioparc3,850 Blvd Sebastien Brant, F-67400 Illkirch Graffenstaden, France - Autor o Coautor
IPBLN CSIC, ProteoRed ISCIII, Granada 18016, Spain - Autor o Coautor
Prote Platform, ProteoRed ISCIII, Barcelona Sci Pk, Barcelona 08028, Spain - Autor o Coautor
Spanish Natl Canc Res Ctr CNIO, ProteoRed ISCIII, Madrid 28029, Spain - Autor o Coautor
Umea Univ Lib, Sci Commun, S-90174 Umea, Sweden - Autor o Coautor
Umea Univ, Dept Chem, S-90187 Umea, Sweden - Autor o Coautor
Univ A Coruna, Agrupac CICA INIBIC, Grp Invest Reumatol GIR, La Coruna, Spain - Autor o Coautor
Univ Barcelona, Sci & Technol Ctr CCiTUB, ProteoRed ISCIII, Barcelona 08036, Spain - Autor o Coautor
Univ Basque Country UPV EHU, Fac Sci & Technol, Dept Biochem & Mol Biol, Leioa, Spain - Autor o Coautor
Univ Basque Country UPV EHU, Prote Core Facil SGIKER, ProteoRed ISCIII, Leioa, Spain - Autor o Coautor
Univ Bern, Dept BioMed Res DBMR, Prote & Mass Spectrometry Core Facil, CH-3010 Bern, Switzerland - Autor o Coautor
Univ Complutense Madrid, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor
Univ Cordoba, Prote Unit, SCAI, Ramon y Cajal Bldg,Rabanales Campus, Cordoba 14071, Spain - Autor o Coautor
Univ Geneva, CMU, Prote Core Facil, Geneva, Switzerland - Autor o Coautor
Univ Navarra, CIMA, ProteoRed ISCIII, Pamplona 31008, Spain - Autor o Coautor
Univ Pompeu Fabra, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Univ Publ Navarra UPNA, Complejo Hosp Navarra CHN, Proteored ISCIII Prote Unit, IdiSNA,Clin Neuroprote Grp, Pamplona 31008, Spain - Autor o Coautor
Univ Salamanca, Canc Res Ctr IBMCC CSIC USAL IBSAL, Dept Med & Gen Cytometry Serv Nucleus, Prote Unit,CIBERONC, Salamanca, Spain - Autor o Coautor
Univ Salamanca, Canc Res Ctr IBMCC CSIC USAL IBSAL, ProteoRed ISCIII, CSIC,Prote Unit, Salamanca, Spain - Autor o Coautor
Univ Strasbourg, CNRS, Lab Spectrometrie Masse BioOrgan, IPHC UMR 7178, F-67000 Strasbourg, France - Autor o Coautor
Univ Toulouse, Prote & Mass Spectrometry Biomol, Prote Infrastruct Toulouse,UPS,CNRS, Prote French Infrastruct,ProFLI Inst Pharmacol &, Toulouse, France - Autor o Coautor
Univ Valencia, Biotechnol & Biomed Interdisciplinary Res Unit ER, Burjassot 46100, Spain - Autor o Coautor
Univ Valencia, Cent Serv Expt Res SCSIE, Prote Unit, ProteoRed ISCIII, Burjassot 46100, Spain - Autor o Coautor
Vall dHebron Inst Oncol VHIO, ProteoRed ISCIII, Barcelona 08035, Spain - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

Global analysis of protein phosphorylation by mass spectrometry proteomic techniques has emerged in the last decades as a powerful tool in biological and biomedical research. However, there are several factors that make the global study of the phosphoproteome more challenging than measuring non-modified proteins. The low stoichiometry of the phosphorylated species and the need to retrieve residue specific information require particular attention on sample preparation, data acquisition and processing to ensure reproducibility, qualitative and quantitative robustness and ample phosphoproteome coverage in phosphoproteomic workflows. Aiming to investigate the effect of different variables in the performance of proteome wide phosphoprotein analysis protocols, ProteoRed-ISCIII and EuPA launched the Proteomics Multicentric Experiment 11 (PME11). A reference sample consisting of a yeast protein extract spiked in with different amounts of a phosphomix standard (Sigma/Merck) was distributed to 31 laboratories around the globe. Thirty-six datasets from 23 laboratories were analyzed. Our results indicate the suitability of the PME11 reference sample to benchmark and optimize phosphoproteomics strategies, weighing the influence of different factors, as well as to rank intra and inter laboratory performance.Copyright © 2021 The Authors. Published by Elsevier B.V. All rights reserved.
[+]

Palabras clave

enrichmentArticleBenchmarkingLaboratoriesLaboratoryLaboratory testMass spectrometryNormalitzacióPhosphopeptidePhosphoproteinPhosphoproteinsPhosphoproteomicsPhosphorylationProceduresProtein phosphorylationProteomeProteómicaProteomicsQualitative analysisQuality-controlQuantitative analysisReference standardsReproducibilityReproducibility of resultsStandardStandardizationYeast extract

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Journal of Proteomics debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición 31/77, consiguiendo con ello situarse como revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoría Biochemical Research Methods. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada en el Cuartil Q2 para la agencia Scopus (SJR) en la categoría Biophysics.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-05:

  • WoS: 2
  • Scopus: 2
[+]

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-05:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 27.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 27 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 9 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

[+]

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France; Sweden; Switzerland; United States of America.

[+]

Reconocimientos ligados al ítem

We thank Kevin Ray from MilliporeSigma, Saint Louis, MO, for fruitful discussions on the study design, and MilliporeSigma for kindly providing the Phosphomix standards used in the study. ProteoRed, PRB3 is supported by grant PT17/0019/0001, of the PE I+D+i 2013-2016, funded by ISCIII and ERDF.
[+]

Ítems relacionados