{rfName}

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

40

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Soler-Vila PAutor o coautor

Compartir

13 dedesembre de 2021
Publicacions
>
Article
No

Three-dimensional genome organization via triplex-forming RNAs

Publicat a:Nature Structural & Molecular Biology. 28 (11): 945-954 - 2021-11-01 28(11), DOI: 10.1038/s41594-021-00678-3

Autors: Farabella, Irene; Di Stefano, Marco; Soler-Vila, Paula; Marti-Marimon, Maria; Marti-Renom, Marc A

Afiliacions

Barcelona Inst Sci & Technol, Ctr Genom Regulat, CNAG CRG, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Ctr Genom Regulat, Gene Regulat Stem Cells & Canc Program, Barcelona, Spain - Autor o coautor
ICREA, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Univ Montpellier, CNRS, Inst Human Genet, Montpellier, France - Autor o coautor
Univ Pompeu Fabra, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

An increasing number of long noncoding RNAs (lncRNAs) have been proposed to act as nuclear organization factors during interphase. Direct RNA-DNA interactions can be achieved by the formation of triplex helix structures where a single-stranded RNA molecule hybridizes by complementarity into the major groove of double-stranded DNA. However, whether and how these direct RNA-DNA associations influence genome structure in interphase chromosomes remain poorly understood. Here we theorize that RNA organizes the genome in space via a triplex-forming mechanism. To test this theory, we apply a computational modeling approach of chromosomes that combines restraint-based modeling with polymer physics. Our models suggest that colocalization of triplex hotspots targeted by lncRNAs could contribute to large-scale chromosome compartmentalization cooperating, rather than competing, with architectural transcription factors such as CTCF. Here the authors computationally test the hypothesis that RNA organizes the three-dimensional genome via a triplex-forming mechanism, providing evidence that lncRNA-targeted triplex hotspots can contribute to large-scale chromosome compartmentalization.

Paraules clau

dnahistone modificationhuman-chromosomesin-situphase-separationrevealsspatial-organizationtranscription factorstransposable elementsLong noncoding rna

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Nature Structural & Molecular Biology a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2021, es trobava a la posició 2/72, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Biophysics. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i atenent a l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions, proporciona un valor de: 4.84, el que indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-16, el següent nombre de cites:

  • WoS: 15
  • Europe PMC: 8

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-16:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 64.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 65 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 52.3.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 96 (Altmetric).

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: France.