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Soler-Vila PAutor o Coautor
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Three-dimensional genome organization via triplex-forming RNAs

Publicado en:Nature Structural & Molecular Biology. 28 (11): 945-954 - 2021-11-01 28(11), DOI: 10.1038/s41594-021-00678-3

Autores: Farabella, Irene; Di Stefano, Marco; Soler-Vila, Paula; Marti-Marimon, Maria; Marti-Renom, Marc A

Afiliaciones

Barcelona Inst Sci & Technol, Ctr Genom Regulat, CNAG CRG, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Ctr Genom Regulat, Gene Regulat Stem Cells & Canc Program, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
ICREA, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Univ Montpellier, CNRS, Inst Human Genet, Montpellier, France - Autor o Coautor
Univ Pompeu Fabra, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

An increasing number of long noncoding RNAs (lncRNAs) have been proposed to act as nuclear organization factors during interphase. Direct RNA-DNA interactions can be achieved by the formation of triplex helix structures where a single-stranded RNA molecule hybridizes by complementarity into the major groove of double-stranded DNA. However, whether and how these direct RNA-DNA associations influence genome structure in interphase chromosomes remain poorly understood. Here we theorize that RNA organizes the genome in space via a triplex-forming mechanism. To test this theory, we apply a computational modeling approach of chromosomes that combines restraint-based modeling with polymer physics. Our models suggest that colocalization of triplex hotspots targeted by lncRNAs could contribute to large-scale chromosome compartmentalization cooperating, rather than competing, with architectural transcription factors such as CTCF. Here the authors computationally test the hypothesis that RNA organizes the three-dimensional genome via a triplex-forming mechanism, providing evidence that lncRNA-targeted triplex hotspots can contribute to large-scale chromosome compartmentalization.

Palabras clave
dnahistone modificationhuman-chromosomesin-situphase-separationrevealsspatial-organizationtranscription factorstransposable elementsLong noncoding rna

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Nature Structural & Molecular Biology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición 2/72, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biophysics. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 5.04, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-07, el siguiente número de citas:

  • WoS: 15
  • Scopus: 16
  • Europe PMC: 8
  • OpenCitations: 20
Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-07:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 64.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 64 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 52.3.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 96 (Altmetric).
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France.