{rfName}

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Muñoz-Pujol GAutor o coautorUgarteburu OAutor o coautorSegur-Bailach EAutor o coautorJurado SAutor o coautorGarrabou GAutor o coautorGuitart-Mampel MAutor o coautorGarcía-Villoria JAutor o coautorRibes AAutor (correspondència)Tort FAutor (correspondència)
Compartir
Publicacions
>
Article

CRISPR/Cas9-based functional genomics strategy to decipher the pathogenicity of genetic variants in inherited metabolic disorders

Publicat a:Journal Of Inherited Metabolic Disease. 46 (6): 1029-1042 - 2023-11-01 46(6), DOI: 10.1002/jimd.12681

Autors: Munoz-Pujol, Gerard; Ugarteburu, Olatz; Segur-Bailach, Eulalia; Moliner, Sonia; Jurado, Susana; Garrabou, Gloria; Guitart-Mampel, Mariona; Garcia-Villoria, Judit; Artuch, Rafael; Fons, Carme; Ribes, Antonia; Tort, Frederic

Afiliacions

CIBERER, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Clinical Biochemistry and Molecular Medicine and Genetics Departments, Institut de Recerca Sant Joan de Déu, Hospital Sant Joan de Déu, and CIBERER, Esplugues de Llobregat, Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Hosp Clin Barcelona, Seccio Errors Congenits Metab IBC, Serv Bioquim & Genet Mol, IDIBAPS,CIBERER, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Hosp St Joan Deu, Inst Recerca St Joan Deu, Clin Biochem Dept, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Hosp St Joan Deu, Inst Recerca St Joan Deu, Mol Med & Genet Dept, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Hosp St Joan Deu, Inst Recerca, Neurol Dept, Fetal Neonatal Neurol & Early Epilepsy Unit, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Secció d'Errors Congènits del Metabolisme-IBC, Servei de Bioquímica i Genètica Molecular, Hospital Clínic de Barcelona, IDIBAPS, CIBERER, Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Univ Barcelona, Hosp Clin Barcelona, Fac Med & Hlth Sci, Internal Med Serv,Inherited Metab Dis & Muscle Dis, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

The determination of the functional impact of variants of uncertain significance (VUS) is one of the major bottlenecks in the diagnostic workflow of inherited genetic diseases. To face this problem, we set up a CRISPR/Cas9-based strategy for knock-in cellular model generation, focusing on inherited metabolic disorders (IMDs). We selected variants in seven IMD-associated genes, including seven reported disease-causing variants and four benign/likely benign variants. Overall, 11 knock-in cell models were generated via homology-directed repair in HAP1 haploid cells using CRISPR/Cas9. The functional impact of the variants was determined by analyzing the characteristic biochemical alterations of each disorder. Functional studies performed in knock-in cell models showed that our approach accurately distinguished the functional effect of pathogenic from non-pathogenic variants in a reliable manner in a wide range of IMDs. Our study provides a generic approach to assess the functional impact of genetic variants to improve IMD diagnosis and this tool could emerge as a promising alternative to invasive tests, such as muscular or skin biopsies. Although the study has been performed only in IMDs, this strategy is generic and could be applied to other genetic disorders. © 2023 SSIEM.

Paraules clau
ArticleCell modelsControlled studyCrispr cas systemCrispr-cas systemsCrispr-cas9 systemCrispr/cas9Evaluation studyFunctional genomicsGeneGene identificationGenetic associationGenetic variabilityGeneticsGenomicsHap1HaploidyHomology directed repairHumanHuman cellHumansInherited metabolic disordersKnock-inMetabolic diseasesMetabolic disorderPathogenicityVariant of uncertain significanceVirulence

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Journal Of Inherited Metabolic Disease a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2023, es trobava a la posició 37/191, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Genetics & Heredity.

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-04-29:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 11.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 11 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 8.9.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 14 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Muñoz Pujol, Gerard) i Últim Autor (Tort Escalé, Frederic).

els autors responsables d'establir les tasques de correspondència han estat Ribes Rubio, Antonia i Tort Escalé, Frederic.