{rfName}
A

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

185

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Rubio-Pérez CAutor o coautor
Compartir
Publicacions
>
Article

A single-cell tumor immune atlas for precision oncology.

Publicat a:Genome Research. 31 (10): 1913-1926 - 2021-10-01 31(10), DOI: 10.1101/gr.273300.120

Autors: Nieto P; Elosua-Bayes M; Trincado JL; Marchese D; Massoni-Badosa R; Salvany M; Henriques A; Nieto J; Aguilar-Fernández S; Mereu E; Moutinho C; Ruiz S; Lorden P; Chin VT; Kaczorowski D; Chan CL; Gallagher R; Chou A; Planas-Rigol E; Rubio-Perez C; Gut I; Piulats JM; Seoane J; Powell JE; Batlle E; Heyn H

Afiliacions

Cancer Diagnosis and Pathology Group, Kolling Institute of Medical Research, Royal North Shore Hospital, St. Leonards NSW 2065, Australia.; NSW Health Pathology, Department of Anatomical Pathology, Royal North Shore Hospital, Sydney NSW 2065, Australia.; - Autor o coautor
CNAG-CRG, Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), 08028 Barcelona, Spain. - Autor o coautor
CNAG-CRG, Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), 08028 Barcelona, Spain.; Universitat Pompeu Fabra (UPF), 08002 Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Garvan-Weizmann Centre for Cellular Genomics, Garvan Institute of Medical Research, Darlinghurst NSW 2010, Sydney, Australia. - Autor o coautor
Garvan-Weizmann Centre for Cellular Genomics, Garvan Institute of Medical Research, Darlinghurst NSW 2010, Sydney, Australia.; St. Vincent's Hospital Clinical School, University of New South Wales, Sydney, Australia, and St. Vincent's Hospital Sydney, Dar - Autor o coautor
Garvan-Weizmann Centre for Cellular Genomics, Garvan Institute of Medical Research, Darlinghurst NSW 2010, Sydney, Australia.; UNSW Cellular Genomics Futures Institute, University of New South Wales, Sydney NSW 2052, Australia. - Autor o coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), Barcelona Institute of Science and Technology, 08028 Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), Barcelona Institute of Science and Technology, 08028 Barcelona, Spain.; Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), 08010 Barcelona, Spain.; CIBERONC, 08908 Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Medical Oncology Department, Institut Català d'Oncologia - ICO; Clinical Research in Solid Tumors Group - CREST, Bellvitge Biomedical Research Institute IDIBELL-OncoBell; CIBERONC; 08908 L'Hospitalet de Llobregat, Barcelona, Spain. - Autor o coautor
St. Vincent's Hospital Sydney, Darlinghurst NSW 2010, Australia.; University of Notre Dame, Chippendale NSW 2007, Sydney, Australia. - Autor o coautor
Vall d'Hebron Institute of Oncology (VHIO), Vall d'Hebron University Hospital, 08035 Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Vall d'Hebron Institute of Oncology (VHIO), Vall d'Hebron University Hospital, 08035 Barcelona, Spain.; Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), 08010 Barcelona, Spain.; Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), 08193 Barcelona, Spain.; C - Autor o coautor
Veure més

Resum

The tumor immune microenvironment is a main contributor to cancer progression and a promising therapeutic target for oncology. However, immune microenvironments vary profoundly between patients, and biomarkers for prognosis and treatment response lack precision. A comprehensive compendium of tumor immune cells is required to pinpoint predictive cellular states and their spatial localization. We generated a single-cell tumor immune atlas, jointly analyzing published data sets of >500,000 cells from 217 patients and 13 cancer types, providing the basis for a patient stratification based on immune cell compositions. Projecting immune cells from external tumors onto the atlas facilitated an automated cell annotation system. To enable in situ mapping of immune populations for digital pathology, we applied SPOTlight, combining single-cell and spatial transcriptomics data and identifying colocalization patterns of immune, stromal, and cancer cells in tumor sections. We expect the tumor immune cell atlas, together with our versatile toolbox for precision oncology, to advance currently applied stratification approaches for prognosis and immunotherapy.

Paraules clau
Biomarkers, tumorHumansImmunotherapyNeoplasmsPrecision medicinePrognosisTumor microenvironment

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Genome Research a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2021, es trobava a la posició 11/175, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Genetics & Heredity. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i atenent a l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions, proporciona un valor de: 31.17, el que indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: Dimensions May 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-05-19, el següent nombre de cites:

  • Scopus: 87
  • Europe PMC: 98
  • OpenCitations: 96
Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-05-19:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 298.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 298 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 101.6.
  • El nombre de mencions a la xarxa social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 120 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Australia.