{rfName}
A

Indexado en

Licencia y uso

Citaciones

185

Altmetrics

Análisis de autorías institucional

Rubio-Pérez CAutor o Coautor
Compartir
Publicaciones
>
Artículo

A single-cell tumor immune atlas for precision oncology.

Publicado en:Genome Research. 31 (10): 1913-1926 - 2021-10-01 31(10), DOI: 10.1101/gr.273300.120

Autores: Nieto P; Elosua-Bayes M; Trincado JL; Marchese D; Massoni-Badosa R; Salvany M; Henriques A; Nieto J; Aguilar-Fernández S; Mereu E; Moutinho C; Ruiz S; Lorden P; Chin VT; Kaczorowski D; Chan CL; Gallagher R; Chou A; Planas-Rigol E; Rubio-Perez C; Gut I; Piulats JM; Seoane J; Powell JE; Batlle E; Heyn H

Afiliaciones

Cancer Diagnosis and Pathology Group, Kolling Institute of Medical Research, Royal North Shore Hospital, St. Leonards NSW 2065, Australia.; NSW Health Pathology, Department of Anatomical Pathology, Royal North Shore Hospital, Sydney NSW 2065, Australia.; - Autor o Coautor
CNAG-CRG, Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), 08028 Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
CNAG-CRG, Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), 08028 Barcelona, Spain.; Universitat Pompeu Fabra (UPF), 08002 Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Garvan-Weizmann Centre for Cellular Genomics, Garvan Institute of Medical Research, Darlinghurst NSW 2010, Sydney, Australia. - Autor o Coautor
Garvan-Weizmann Centre for Cellular Genomics, Garvan Institute of Medical Research, Darlinghurst NSW 2010, Sydney, Australia.; St. Vincent's Hospital Clinical School, University of New South Wales, Sydney, Australia, and St. Vincent's Hospital Sydney, Dar - Autor o Coautor
Garvan-Weizmann Centre for Cellular Genomics, Garvan Institute of Medical Research, Darlinghurst NSW 2010, Sydney, Australia.; UNSW Cellular Genomics Futures Institute, University of New South Wales, Sydney NSW 2052, Australia. - Autor o Coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), Barcelona Institute of Science and Technology, 08028 Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), Barcelona Institute of Science and Technology, 08028 Barcelona, Spain.; Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), 08010 Barcelona, Spain.; CIBERONC, 08908 Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Medical Oncology Department, Institut Català d'Oncologia - ICO; Clinical Research in Solid Tumors Group - CREST, Bellvitge Biomedical Research Institute IDIBELL-OncoBell; CIBERONC; 08908 L'Hospitalet de Llobregat, Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
St. Vincent's Hospital Sydney, Darlinghurst NSW 2010, Australia.; University of Notre Dame, Chippendale NSW 2007, Sydney, Australia. - Autor o Coautor
Vall d'Hebron Institute of Oncology (VHIO), Vall d'Hebron University Hospital, 08035 Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Vall d'Hebron Institute of Oncology (VHIO), Vall d'Hebron University Hospital, 08035 Barcelona, Spain.; Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), 08010 Barcelona, Spain.; Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), 08193 Barcelona, Spain.; C - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

The tumor immune microenvironment is a main contributor to cancer progression and a promising therapeutic target for oncology. However, immune microenvironments vary profoundly between patients, and biomarkers for prognosis and treatment response lack precision. A comprehensive compendium of tumor immune cells is required to pinpoint predictive cellular states and their spatial localization. We generated a single-cell tumor immune atlas, jointly analyzing published data sets of >500,000 cells from 217 patients and 13 cancer types, providing the basis for a patient stratification based on immune cell compositions. Projecting immune cells from external tumors onto the atlas facilitated an automated cell annotation system. To enable in situ mapping of immune populations for digital pathology, we applied SPOTlight, combining single-cell and spatial transcriptomics data and identifying colocalization patterns of immune, stromal, and cancer cells in tumor sections. We expect the tumor immune cell atlas, together with our versatile toolbox for precision oncology, to advance currently applied stratification approaches for prognosis and immunotherapy.

Palabras clave
Biomarkers, tumorHumansImmunotherapyNeoplasmsPrecision medicinePrognosisTumor microenvironment

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Genome Research debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición 11/175, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 31.17, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-19, el siguiente número de citas:

  • Scopus: 87
  • Europe PMC: 98
  • OpenCitations: 96
Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-19:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 298.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 298 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 102.6.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 122 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Australia.