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We acknowledge the funding from Advanced Marker Discovery (AMADIX) and grants support from Fundacion Cientifica de la Asociacion Espanola contra el Cancer (GCB13131592CAST), Ministerio de Economia y Competitividad (RTC-2015-3850-1 and SAF2014-54453-R) and Instituto de Salud Carlos III (PI17/01003, co-funded by FEDER-European Union). CIBEREHD is funded by the Instituto de Salud Carlos III. We are grateful to the support of CERCA Programme and SGR 653 from Generalitat de Catalunya. This work was developed at the Centro Esther Koplowitz, Barcelona, Spain.

Análisis de autorías institucional

Duran-Sanchon SAutor o CoautorVila-Navarro EAutor o CoautorMarcuello MAutor o CoautorDiez MsAutor o CoautorHernandez VAutor o CoautorMartín AcAutor o CoautorCastells AAutor o CoautorGironella MAutor (correspondencia)
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Validation of miR-1228-3p as Housekeeping for MicroRNA Analysis in Liquid Biopsies from Colorectal Cancer Patients

Publicado en:Biomolecules. 10 (1): E16- - 2020-01-01 10(1), DOI: 10.3390/biom10010016

Autores: Duran-Sanchon, Saray; Vila-Navarro, Elena; Marcuello, Maria; Jose Lozano, Juan; Munoz, Jenifer; Cubiella, Joaquin; Soledad Diez, Maria; Bujanda, Luis; Lanas, Angel; Jover, Rodrigo; Hernandez, Vicent; Quintero, Enrique; Herreros-Villanueva, Marta; Carmen Martin, Ana; Perez-Palacios, Rosa; Arroyo, Rocio; Castells, Antoni; Gironella, Meritxell

Afiliaciones

Adv Marker Discovery AMADIX, Acera Recoletos 2, Valladolid 47004, Spain - Autor o Coautor
CIBEREHD, Bioinformat Platform, Barcelona 08036, Catalonia, Spain - Autor o Coautor
Complexo Hosp Univ Ourense, Inst Invest Sanitaria Galicia Sur, CIBEREHD, Dept Gastroenterol, Orense 32005, Spain - Autor o Coautor
Complexo Hosp Univ Vigo, Dept Gastroenterol, Vigo 36214, Spain - Autor o Coautor
Ctr Invest Biomed Canarias CIBICAN, Tenerife 38320, Spain - Autor o Coautor
Hosp Gen Univ Alicante, Gastroenterol Unit, Alicante 03010, Spain - Autor o Coautor
Hosp Univ Burgos, Dept Gastroenterol, Burgos 09006, Spain - Autor o Coautor
Univ Barcelona, Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IDIBAPS, Ctr Invest Biomed Red Enfermedades Hepat & Digest, Gastrointestinal & Pancreat Oncol Grp,Hosp Clin B, E-08036 Barcelona, Catalonia, Spain - Autor o Coautor
Univ La Laguna, Inst Univ Tecnol Biomed ITB, Hosp Univ Canarias, Dept Gastroenterol, E-38320 Tenerife, Spain - Autor o Coautor
Univ Pais Vasco UPV EHU, Ctr Invest Biomed Red Enfermedades Hepat & Digest, Dept Gastroenterol, Hosp Donostia,Inst Biodonostia, San Sebastian 20014, Spain - Autor o Coautor
Univ Zaragoza, CIBEREHD, Hosp Clin Univ, Dept Gastroenterol,IIS Aragon, E-50009 Zaragoza, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Circulating microRNA (miRNA) analysis is a growing research field. However, it usually requires an endogenous control or housekeeping (HK) in order to normalize expression of specific miRNAs throughout different samples. Unfortunately, no adequate HK for circulating miRNA analysis is still known in the colorectal cancer (CRC) context whereas several have been suggested. Hence, our aims were to validate the previously suggested miR-1228-3p as HK for CRC studies, to compare its suitability with the widely used miR-16-5p, and to evaluate the influence of hemolysis on both miRNAs.We analyzed by quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) the expression of miR-1228-3p, miR-16-5p and the spike-in cel-miR-39 in a set of 297 plasmas (92 CRC, 101 advanced adenomas -AA-, and 100 controls) and 213 serum samples (59 CRC, 74 AA and 80 controls). We also analyzed both miRNAs depending on the hemolysis degree in 7 plasmas and 31 serums.Levels of miR-1228-3p and miR-16-5p did not show significant differences between groups although miR-16-5p exhibited more variability in plasma and serum samples. Importantly, the combination of cel-miR-39 and miR-1228-3p was the most stable one. Moreover, we observed that miR-16-5p was significantly influenced by hemolysis in contrast with miR-1228-3p that exhibited no correlation with this confounding factor in both biofluids.MiR-1228-3p has been validated as an adequate endogenous control for circulating miRNA analysis in CRC and AA liquid biopsies.

Palabras clave
colon cancerdiagnosisendogenous controlexpressiongenesmirnasnon-invasive diagnosisnormalizationpcrplasmapotential biomarkersprognosisqrt-pcrquantificationreference mirnaserumtumor markerAgedAged, 80 and overBiomarkerBiomarkers, tumorCirculating micrornasColon cancerColorectal neoplasmsDiagnosisEndogenous controlExpressionFemaleGene expression regulation, neoplasticGenesGenes, essentialHumansLiquid biopsyMaleMicrornasMiddle agedMirn1228 microrna, humanMirnasNon-invasive diagnosisNormalizationPcrPlasmaPotential biomarkersPrognosisQrt-pcrQuantificationReference mirnaSerumTumor marker

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Biomolecules debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 96/295, consiguiendo con ello situarse como revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada en el Cuartil Q2 para la agencia Scopus (SJR) en la categoría Biochemistry.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 1.29, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-10, el siguiente número de citas:

  • WoS: 9
  • Scopus: 12
  • Europe PMC: 8
  • OpenCitations: 9
Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-10:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 42.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 42 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 0.25.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Durán Sanchón, Saray) y Último Autor (Gironella Cos, Meritxell).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Gironella Cos, Meritxell.