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Investigadores/as Institucionales

Rubio-Perez, CarlotaAutor o Coautor

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30 de abril de 2025
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Artículo
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A Pan-cancer Landscape of Interactions between Solid Tumors and Infiltrating Immune Cell Populations

Publicado en: Clinical Cancer Research. 24 (15): 3717-3728 - 2018-08-01 24(15), DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-17-3509

Autores:

Tamborero, David; Rubio-Perez, Carlota; Muinos, Ferran; Sabarinathan, Radhakrishnan; Piulats, Josep M; Muntasell, Aura; Dienstmann, Rodrigo; Lopez-Bigas, Nuria; Gonzalez-Perez, Abel
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Afiliaciones

Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed, Barcelona 08028, Spain - Autor o Coautor
Catalan Inst Res & Adv Studies ICREA, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
CIBERONC, Dept Med Oncol, Inst Catala Oncol IDIBELL, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Hosp del Mar, Res Inst, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Sage Bionetworks, Seattle, WA USA - Autor o Coautor
Univ Pompeu Fabra, Dept Expt & Hlth Sci, Barcelona 08002, Spain - Autor o Coautor
Vali dHebron Inst Oncol, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Purpose: Throughout their development, tumors are challenged by the immune system, and they acquire features to evade its surveillance. A systematic view of these traits, which shed light on how tumors respond to immunotherapies, is still lacking. Experimental Design: Here, we computed the relative abundance of an array of immune cell populations to measure the immune infiltration pattern of 9,174 tumors of 29 solid cancers. We then clustered tumors with similar infiltration pattern to define immunophenotypes. Finally, we identified genomic and transcriptomic traits associated to these immunophenotypes across cancer types. Results: In highly cytotoxic immunophenotypes, we found tumors with low clonal heterogeneity enriched for alterations of genes involved in epigenetic regulation, ubiquitin-mediated proteolysis, antigen presentation, and cell-cell communication, which may drive resistance in combination with the ectopic expression of negative immune checkpoints. Tumors with immunophenotypes of intermediate cytotoxicity are characterized by an upregulation of processes involved in neighboring tissue invasion and remodeling that may foster the recruitment of immunosuppressive cells. Tumors with poorly cytotoxic immunophenotype tend to be of more advanced stages and bear a greater burden of copy number alterations and frequent alterations of cell cycle, hedgehog, beta-catenin, and TGF-beta pathways, which may cause immune depletion. Conclusions: We provide a comprehensive landscape of the characteristics of solid tumors that may influence (or be influenced by) the characteristics of their immune infiltrate. These results may help interpret the response of solid tumors to immunotherapies and guide the development of novel drug combination strategies. (C) 2018 AACR.
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Palabras clave

Acquired-resistanceBlockadeCd8-positive t-lymphocytesDna copy number variationsEpigenesis, geneticEvasionGene expression regulation, neoplasticGenomicsHumansImmunophenotypingImmunotherapyLymphocytes, tumor-infiltratingMetastatic melanomaMicroenvironmentNeoplasmsResponsesReveaTgf-betaTherapyTranscriptome

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista CLINICAL CANCER RESEARCH debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2018, se encontraba en la posición 16/230, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Oncology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 7.32. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-04, el siguiente número de citas:

  • WoS: 235
  • Europe PMC: 210
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-04:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 278.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 278 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 33.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 48 (Altmetric).
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.

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Reconocimientos ligados al ítem

D. Tamborero is supported by project SAF2015-74072-JIN, which is funded by the Agencia Estatal de Investigacion (AEI) and Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER). C. Rubio-Perez is supported by an FPI fellowship (BES-2013-063354) from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness. N. Lopez-Bigas acknowledges funding from the European Research Council (consolidator grant 682398). A. Gonzalez-Perez is supported by a Ramon y Cajal contract (RYC-2013-14554), which also covers the costs of this publication. The results shown here are in whole or part based upon data generated by the TCGA Research Network. Data generated by the Genotype-Tissue Expression (GTEx) Project, supported by the Common Fund of the Office of the Director of the National Institutes of Health, and by NCI, NHGRI, NHLBI, NIDA, NIMH, and NINDS, were also used. We thank Elena Gros (PhD) and Ignacio Melero (MD, PhD) for the scientific review and helpful discussions of the study, Fiorella Ruiz for the annotation of the TCGA clinical data, and Dvir Aran (PhD) for the support in the expression adjustment methodology. We also thank Eliezer Van Allen (MD, PhD) for providing the transcriptomic data of melanoma patients treated with anti-CTLA4 therapy.
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