{rfName}

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Melón-Ardanaz EAutor o coautorGudiño VAutor o coautorSalas AAutor o coautor

Compartir

1 d’abril de 2024
Publicacions
>
Article

FixNCut: single-cell genomics through reversible tissue fixation and dissociation

Publicat a:Genome Biology. 25 (1): 81-81 - 2024-03-29 25(1), DOI: 10.1186/s13059-024-03219-5

Autors: Jimenez-Gracia, Laura; Marchese, Domenica; Nieto, Juan C; Caratu, Ginevra; Melon-Ardanaz, Elisa; Gudino, Victoria; Roth, Sara; Wise, Kellie; Ryan, Natalie K; Jensen, Kirk B; Hernando-Momblona, Xavier; Bernardes, Joana P; Tran, Florian; Sievers, Laura Katharina; Schreiber, Stefan; van den Berge, Maarten; Kole, Tessa; van der Velde, Petra L; Nawijn, Martijn C; Rosenstiel, Philip; Batlle, Eduard; Butler, Lisa M; Parish, Ian A; Plummer, Jasmine; Gut, Ivo; Salas, Azucena; Heyn, Holger; Martelotto, Luciano G

Afiliacions

Adelaide Centre for Epigenetics (ACE), University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o coautor
Adelaide Centre for Epigenetics (ACE), University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. luciano.martelotto@adelaide.edu.au. - Autor o coautor
Australian Genom Res Facil, Adelaide, SA, Australia - Autor o coautor
Australian Genomics Research Facility, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o coautor
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Cancer Immunology Program, Peter MacCallum Cancer Centre, Melbourne, VIC, Australia. - Autor o coautor
Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer (CIBERONC), Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBERehd), Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), 08028, Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), 08028, Barcelona, Spain. holger.heyn@cnag.eu. - Autor o coautor
Ctr Invest Biomed Red Canc CIBERONC, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Ctr Invest Biomed Red Enfermedades Hepat & Digest, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Ctr Nacl Anal Genom CNAG, Barcelona 08028, Spain - Autor o coautor
Department of Internal Medicine I, University Hospital Schleswig-Holstein (UKSH), Campus Kiel, Kiel, Germany. - Autor o coautor
Department of Pathology & Medical Biology, University of Groningen, University Medical Center Groningen, Groningen, Netherlands. - Autor o coautor
Department of Pulmonary Diseases, University of Groningen, University Medical Center Groningen, Groningen, Netherlands. - Autor o coautor
Freemasons Foundation Centre for Men's Health, University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o coautor
Groningen Research Institute for Asthma and COPD, University of Groningen, University Medical Center Groningen, Groningen, Netherlands. - Autor o coautor
ICREA, Barcelona, Spain - Autor o coautor
ICREA, Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Inflammatory Bowel Disease Group, Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS), Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IDIBAPS, Inflammatory Bowel Dis Grp, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), The Barcelona Institute of Science and Technology, Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University, Kiel, Germany. - Autor o coautor
Monash Univ, Alfred Hosp, Dept Surg, Melbourne, Vic, Australia - Autor o coautor
Monash University Department of Surgery, Alfred Hospital, Melbourne, VIC, Australia. - Autor o coautor
Omniscope, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Omniscope, Barcelona, Spain. holger.heyn@cnag.eu. - Autor o coautor
Omniscope, Barcelona, Spain. luciano.martelotto@adelaide.edu.au. - Autor o coautor
Peter MacCallum Canc Ctr, Canc Immunol Program, Melbourne, Vic, Australia - Autor o coautor
Sir Peter MacCallum Department of Oncology, The University of Melbourne, Melbourne, VIC, Australia. - Autor o coautor
South Australian Health and Medical Research Institute, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o coautor
South Australian Hlth & Med Res Inst, Adelaide, SA, Australia - Autor o coautor
South Australian immunoGENomics Cancer Institute (SAiGENCI), University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o coautor
South Australian immunoGENomics Cancer Institute (SAiGENCI), University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. luciano.martelotto@adelaide.edu.au. - Autor o coautor
St Jude Children's Research Hospital, Memphis, TN, 38105, USA. - Autor o coautor
St Jude Childrens Res Hosp, Memphis, TN 38105 USA - Autor o coautor
Univ Adelaide, Adelaide Ctr Epigenet ACE, Adelaide, SA, Australia - Autor o coautor
Univ Adelaide, Freemasons Fdn Ctr Mens Hlth, Adelaide, SA, Australia - Autor o coautor
Univ Adelaide, South Australian ImmunoGEN Canc Inst SAiGENCI, Adelaide, SA, Australia - Autor o coautor
Univ Barcelona UB, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Univ Groningen, Univ Med Ctr Groningen, Dept Pathol & Med Biol, Groningen, Netherlands - Autor o coautor
Univ Groningen, Univ Med Ctr Groningen, Dept Pulm Dis, Groningen, Netherlands - Autor o coautor
Univ Groningen, Univ Med Ctr Groningen, Groningen Res Inst Asthma & COPD, Groningen, Netherlands - Autor o coautor
Univ Hosp Schleswig Holstein UKSH, Dept Internal Med 1, Campus Kiel, Kiel, Germany - Autor o coautor
Univ Kiel, Inst Clin Mol Biol, Kiel, Germany - Autor o coautor
Univ Melbourne, Sir Peter MacCallum Dept Oncol, Melbourne, Vic, Australia - Autor o coautor
Universitat de Barcelona (UB), Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Universitat de Barcelona (UB), Barcelona, Spain. holger.heyn@cnag.eu. - Autor o coautor
Veure més

Resum

The use of single-cell technologies for clinical applications requires disconnecting sampling from downstream processing steps. Early sample preservation can further increase robustness and reproducibility by avoiding artifacts introduced during specimen handling. We present FixNCut, a methodology for the reversible fixation of tissue followed by dissociation that overcomes current limitations. We applied FixNCut to human and mouse tissues to demonstrate the preservation of RNA integrity, sequencing library complexity, and cellular composition, while diminishing stress-related artifacts. Besides single-cell RNA sequencing, FixNCut is compatible with multiple single-cell and spatial technologies, making it a versatile tool for robust and flexible study designs.© 2024. Crown.

Paraules clau

AnimalAnimal tissueAnimalsArticleArtifactCell stressCellular stressColon tissueControlled studyDissociationDownstream processingFixncutGeneticsGenomicsHumanHuman cellHumansLung parenchymaMethodologyMiceMouseNonhumanProceduresReproducibilityReproducibility of resultsRnaRna sequencingSample fixationSequence analysis, rnaSingle cell analysisSingle cell rna seqSingle-cell analysisSingle-cell genomicsSpecimen handlingTissue dissociationTissue fixation

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Genome Biology a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2024 encara no hi ha indicis calculats, però el 2023, es trobava a la posició 7/191, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Genetics & Heredity. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2025-08-10:

  • WoS: 3
  • Scopus: 3

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-08-10:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 53.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 53 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 48.7.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 91 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Australia; Germany; Netherlands; United States of America.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Últim Autor (Martelotto LG).