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Melón-Ardanaz EAutor o CoautorGudiño VAutor o CoautorSalas AAutor o Coautor

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1 de abril de 2024
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Artículo

FixNCut: single-cell genomics through reversible tissue fixation and dissociation

Publicado en:Genome Biology. 25 (1): 81-81 - 2024-03-29 25(1), DOI: 10.1186/s13059-024-03219-5

Autores: Jimenez-Gracia, Laura; Marchese, Domenica; Nieto, Juan C; Caratu, Ginevra; Melon-Ardanaz, Elisa; Gudino, Victoria; Roth, Sara; Wise, Kellie; Ryan, Natalie K; Jensen, Kirk B; Hernando-Momblona, Xavier; Bernardes, Joana P; Tran, Florian; Sievers, Laura Katharina; Schreiber, Stefan; van den Berge, Maarten; Kole, Tessa; van der Velde, Petra L; Nawijn, Martijn C; Rosenstiel, Philip; Batlle, Eduard; Butler, Lisa M; Parish, Ian A; Plummer, Jasmine; Gut, Ivo; Salas, Azucena; Heyn, Holger; Martelotto, Luciano G

Afiliaciones

Adelaide Centre for Epigenetics (ACE), University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o Coautor
Adelaide Centre for Epigenetics (ACE), University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. luciano.martelotto@adelaide.edu.au. - Autor o Coautor
Australian Genom Res Facil, Adelaide, SA, Australia - Autor o Coautor
Australian Genomics Research Facility, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o Coautor
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Cancer Immunology Program, Peter MacCallum Cancer Centre, Melbourne, VIC, Australia. - Autor o Coautor
Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer (CIBERONC), Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBERehd), Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), 08028, Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), 08028, Barcelona, Spain. holger.heyn@cnag.eu. - Autor o Coautor
Ctr Invest Biomed Red Canc CIBERONC, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Ctr Invest Biomed Red Enfermedades Hepat & Digest, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Ctr Nacl Anal Genom CNAG, Barcelona 08028, Spain - Autor o Coautor
Department of Internal Medicine I, University Hospital Schleswig-Holstein (UKSH), Campus Kiel, Kiel, Germany. - Autor o Coautor
Department of Pathology & Medical Biology, University of Groningen, University Medical Center Groningen, Groningen, Netherlands. - Autor o Coautor
Department of Pulmonary Diseases, University of Groningen, University Medical Center Groningen, Groningen, Netherlands. - Autor o Coautor
Freemasons Foundation Centre for Men's Health, University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o Coautor
Groningen Research Institute for Asthma and COPD, University of Groningen, University Medical Center Groningen, Groningen, Netherlands. - Autor o Coautor
ICREA, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
ICREA, Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Inflammatory Bowel Disease Group, Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS), Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IDIBAPS, Inflammatory Bowel Dis Grp, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), The Barcelona Institute of Science and Technology, Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University, Kiel, Germany. - Autor o Coautor
Monash Univ, Alfred Hosp, Dept Surg, Melbourne, Vic, Australia - Autor o Coautor
Monash University Department of Surgery, Alfred Hospital, Melbourne, VIC, Australia. - Autor o Coautor
Omniscope, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Omniscope, Barcelona, Spain. holger.heyn@cnag.eu. - Autor o Coautor
Omniscope, Barcelona, Spain. luciano.martelotto@adelaide.edu.au. - Autor o Coautor
Peter MacCallum Canc Ctr, Canc Immunol Program, Melbourne, Vic, Australia - Autor o Coautor
Sir Peter MacCallum Department of Oncology, The University of Melbourne, Melbourne, VIC, Australia. - Autor o Coautor
South Australian Health and Medical Research Institute, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o Coautor
South Australian Hlth & Med Res Inst, Adelaide, SA, Australia - Autor o Coautor
South Australian immunoGENomics Cancer Institute (SAiGENCI), University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. - Autor o Coautor
South Australian immunoGENomics Cancer Institute (SAiGENCI), University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia. luciano.martelotto@adelaide.edu.au. - Autor o Coautor
St Jude Children's Research Hospital, Memphis, TN, 38105, USA. - Autor o Coautor
St Jude Childrens Res Hosp, Memphis, TN 38105 USA - Autor o Coautor
Univ Adelaide, Adelaide Ctr Epigenet ACE, Adelaide, SA, Australia - Autor o Coautor
Univ Adelaide, Freemasons Fdn Ctr Mens Hlth, Adelaide, SA, Australia - Autor o Coautor
Univ Adelaide, South Australian ImmunoGEN Canc Inst SAiGENCI, Adelaide, SA, Australia - Autor o Coautor
Univ Barcelona UB, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Univ Groningen, Univ Med Ctr Groningen, Dept Pathol & Med Biol, Groningen, Netherlands - Autor o Coautor
Univ Groningen, Univ Med Ctr Groningen, Dept Pulm Dis, Groningen, Netherlands - Autor o Coautor
Univ Groningen, Univ Med Ctr Groningen, Groningen Res Inst Asthma & COPD, Groningen, Netherlands - Autor o Coautor
Univ Hosp Schleswig Holstein UKSH, Dept Internal Med 1, Campus Kiel, Kiel, Germany - Autor o Coautor
Univ Kiel, Inst Clin Mol Biol, Kiel, Germany - Autor o Coautor
Univ Melbourne, Sir Peter MacCallum Dept Oncol, Melbourne, Vic, Australia - Autor o Coautor
Universitat de Barcelona (UB), Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Universitat de Barcelona (UB), Barcelona, Spain. holger.heyn@cnag.eu. - Autor o Coautor
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Resumen

The use of single-cell technologies for clinical applications requires disconnecting sampling from downstream processing steps. Early sample preservation can further increase robustness and reproducibility by avoiding artifacts introduced during specimen handling. We present FixNCut, a methodology for the reversible fixation of tissue followed by dissociation that overcomes current limitations. We applied FixNCut to human and mouse tissues to demonstrate the preservation of RNA integrity, sequencing library complexity, and cellular composition, while diminishing stress-related artifacts. Besides single-cell RNA sequencing, FixNCut is compatible with multiple single-cell and spatial technologies, making it a versatile tool for robust and flexible study designs.© 2024. Crown.

Palabras clave

AnimalAnimal tissueAnimalsArticleArtifactCell stressCellular stressColon tissueControlled studyDissociationDownstream processingFixncutGeneticsGenomicsHumanHuman cellHumansLung parenchymaMethodologyMiceMouseNonhumanProceduresReproducibilityReproducibility of resultsRnaRna sequencingSample fixationSequence analysis, rnaSingle cell analysisSingle cell rna seqSingle-cell analysisSingle-cell genomicsSpecimen handlingTissue dissociationTissue fixation

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Genome Biology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición 7/191, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

2025-08-12:

  • WoS: 3
  • Scopus: 3

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-08-12:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 53.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 53 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 48.7.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 91 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Australia; Germany; Netherlands; United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (Martelotto LG).